公司注销清算时，还有留抵增值税进项税额，这部分留抵的增值税进项税额是否可以从清算所得中扣除？

《中华人民共和国企业所得税法实施条例》规定，“企业所得税法第八条所称税金，是指企业发生的除企业所得税和允许抵扣的增值税以外的各项税金及其附加”。根据企业所得税税前扣除中的实际发生和负担原则，允许抵扣的增值税能够通过一定的方式，转嫁给购买方，是一种价外税，实际上并非由企业所负担，是不允许税前扣除的。

但是，在注销清算时，留抵增值税进项税额未实际抵扣，由企业最终负担。根据《关于企业清算业务企业所得税处理若干问题的通知》(财税〔2009〕60号)规定，“四、企业的全部资产可变现价值或交易价格，减除资产的计税基础、清算费用、相关税费，加上债务清偿损益等后的余额，为清算所得”。按照会计核算规则，留抵税额体现为“应交税费-应交增值税”科目下的负值，清算时清偿价值为0，产生负债清偿损失，属于财税〔2009〕60号文件规定的“债务清偿损益”，冲减清算所得，即在清算时在企业所得税税前扣除。

此外，《国家税务总局关于小规模纳税人免征增值税等征收管理事项的公告》(2022年第6号)规定，一般纳税人转登记为小规模纳税人时，其未抵扣的进项税额计入“应交税费——待抵扣进项税额”科目核算、截至2022年3月31日的余额，在2022年度可按规定企业所得税或个人所得税税前扣除。允许清算时留抵税额在税前扣除，与6号公告明确的口径保持一致。

综上，企业注销清算时无法继续抵扣且不予退税的留抵税额允许在企业所得税税前扣除。