我公司符合2025年新出台的留抵退税政策规定条件，当期允许退还的期末留抵税额为5000万元，请问我公司是否可以向主管税务机关申请退还3000万元，其余部分结转下期继续抵扣？

不可以。按照7号公告第七条规定，适用本公告政策的纳税人，按照以下公式计算允许退还的留抵税额：

（一）适用本公告第一条第一项政策的，允许退还的留抵税额=当期期末留抵税额×进项构成比例×100%；

（二）适用本公告第一条第二项政策的，允许退还的留抵税额=当期期末留抵税额与2019年3月31日期末留抵税额相比新增加留抵税额×进项构成比例×60%；

（三）适用本公告第一条第三项政策的，允许退还的留抵税额=当期期末留抵税额与申请退税前一税款所属期上一年度12月31日期末留抵税额相比新增加留抵税额不超过1亿元的部分×进项构成比例×60%+超过1亿元的部分×进项构成比例×30%。若你公司符合7号公告规定的留抵退税政策条件，则应就允许退还的留抵税额5000万元，向主管税务机关申请退还。